本科生招录生源来自全院各专业。协同创新中心四校共同开展选拔工作，根据“自愿报名，择优录取”的原则进行遴选，注重考察学生的综合能力，学生的兴趣和发展的潜质，实行动态统筹机制、自由选择专业的机制，挑选具有浓厚学术兴趣、良好发展潜质的优秀的学生进入培养计划当中。在新生入学之初，在学生中进行动员，经综合考核后组建协同创新班。在第2学期末，根据学生学习成绩、导师评价和专家组综合考核，对学生进行二次选拔，经二次选拔，确定30名学生入选创新班。

硕士研究生可由各单位统一招生标准，通过两种渠道获得生源。一是举办高水平本科生暑期夏令营，通过夏令营的表现遴选优秀的学生进入中心。二是预留部分名额通过国家统考的方式招录研究生。除此之外，应当保持1-3个名额用于接受对经济学抱有极大热情、科研能力突出的各单位其他院系学生的转入申请。
建立“本-硕-博”连读制度，在各单位学生中选拔优秀的理论研究人才，为中心培养、输送后备力量。连读制度从各单位优秀本科生中选拔知识、能力与综合素质更优的本科生面试攻读研究生；在此基础上，进一步选拔具有协同创新任务潜力的学生攻读博士，形成 “4 (本科4年)-6 (加硕士2年)-9 (加博士3年)”的人才培养体系。