一流的国家大学科技园是一流大学的重要标志之一。南京工业大学科技园自2009年初被认定为国家大学科技园以来，按照“一个依托、两个整合、三个坚持”的建设思路，遵循“政府引导、市场运作、资源共享、服务开放”的建设原则，着实优化“一园三区、跨江发展”的建设模式，不断完善综合服务体系，深化产学研用结合，引导和支撑企业技术创新，全面促进学校人才培养、科学研究、成果转化和学科建设，着力构建地方政府—地方工科高校—科技型企业互动共赢的特色三螺旋体系，取得了较显著的经济、社会及环境效益。

南京工业大学国家大学科技园规划占地522亩，其中研发创新区位于学校模范马路校区，占地220亩，以一期8万M2的科技创新大楼为核心，以老校区20万M2为物理空间，同时规划新建22万M2，最终达到50万平方米的研发“种子”基地。科技园创业孵化区位于浦口经济技术开发区，总占地面积302亩，现已建成10万M2厂房及办公区，最终形成建设面积34万M2的“种苗”孵化区。同时，大学科技园还与南京高新区共建了“海内外领军人才三创载体”。经过多年建设，南京工业大学国家大学科技园模范路研发创新区 “种子”基地“,浦口孵化创业区 “种苗”基地以及南工大--高新区 “三创”人才基地“一园三区，跨江发展”的格局基本形成。

截止到目前，共有近200家科技型企业入驻大学科技园，其中70余家企业与学校共建研发中心。入驻企业涉及生物医药、化工、能源及交通、新材料及材料设备、环境、机电一体化、建筑、创意等领域。入园企业资产总规模近20亿元，2009年销售收入11亿元、利税2.05亿元，2010年销售收入21亿元、利税3亿余元，2011年销售收入30亿元、利税4亿余元。近几年来，园区企业积极接纳高校学生实验实习、接纳大学毕业生就业、与工大联合培养研究生等，取得了良好的社会效应。